Najczęstszym siedliskiem choroby Leśniowskiego-Crohna jest końcowy odcinek jelita krętego, dotknięty w 40-50% wszystkich przypadków (ryc. 3). Jelito cienkie i grube są zajęte jednocześnie w 30-40% przypadków, a samo jelito grube w 20% (ryc. 4). Znacznie rzadziej choroba umiejscawia się w początkowym odcinku jelita cienkiego i wyjątkowo w górnym odcinku przewodu pokarmowego lub wyrostku.

Najbardziej charakterystyczną cechą choroby są odcinkowe zmiany w jelicie cienkim lub grubym przedzielone fragmentami zdrowymi. Od strony światła jelita najwcześniejszą zmianą są drobne owrzodzenia błony śluzowej, przypominające afty jamy ustnej. W późniejszym okresie błona śluzowa jest obrzęknięta, a na jej powierzchni mogą być widoczne głębokie owrzodzenia o dowolnym kształcie. Typowe są linijne owrzodzenia poprzeczne i podłużne, które łącząc się ze sobą, otaczają mało zmienione lub nawet prawidłowe obszary śluzówki (ryc. 5). Poprzecinana owrzodzeniami błona śluzowa może być uniesiona do góry przez obrzęk i nacieki zapalne w tkance podśluzowej, co stwarza charakterystyczny efekt „brukowania” (ryc. 6).


Ryc. 3. Zdjęcie radiologiczne jelita po doustnym podaniu środka cieniującego. Widoczne jest zwężenie jelita krętego na długim odcinku
(strzałki). Ryc. 4. Zdjęcie jelita grubego wypełnionego środkiem cieniującym. Widoczne są liczne, głębokie owrzodzenia poprzecznicy
i zstępicy (strzałki). Choroba Leśniowskiego-Crohna nie ma takich cech mikroskopowych, które jednoznacznie wskazywałyby na to rozpoznanie. W 60% przypadków w ścianie jelita obecne są charakterystyczne ziarniniaki zbudowane z komórek nabłonkowatych, komórek olbrzymich wielojądrzastych i limfocytów. Przy braku ziarniniaków, objawem ułatwiającym rozpoznanie są szczelinowate owrzodzenia. Z innych cech mikroskopowych należy wymienić zajęcie wszystkich warstw ściany jelita
z pogrubieniem tkanki podśluzowej (ryc. 7).