Część pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna ma objawy ze strony innych narządów i układów. Choroby towarzyszące, zwane też powikłaniami układowymi, można podzielić na dwie grupy:
1) choroby, które pojawiają się głównie w okresach zaostrzeń (np. zapalenie dużych stawów, zapalenie tęczówki oka, rumień guzowaty),
2) choroby przebiegające niezależnie od zapalenia jelit (np. zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa oraz większość powikłań ze strony wątroby i dróg żółciowych).

Pełną listę powikłań pozajelitowych choroby Leśniowskiego-Crohna przedstawia tabela 1. Na rycinie 8 pokazane jest jedno z najczęstszych powikłań skórnych – rumień guzowaty.